YAML 场景快速上手

本项目提供基于 YAML 的一键运行场景，便于教学与复现。所有示例位于 examples/modern_yaml/ 目录，包含完整工作流与教学拆分单元。

运行方法

# 零温完整（多尺寸扫描）
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/zero_temp_elastic.yaml

# 有限温完整（预热→NPT→NHC 生产）
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/finite_temp_elastic.yaml

# 弹性波模拟
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/elastic_wave.yaml            # 解析计算与可视化
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/elastic_wave_dynamics_L.yaml # 纵波传播模拟
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/elastic_wave_dynamics_T.yaml # 横波传播模拟

# 教学拆分单元
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/relax.yaml          # 零温弛豫（含 E–V/E–s 曲线）
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/nve.yaml            # NVE（温度/能量演化）
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/nvt_langevin.yaml   # NVT-Langevin
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/nvt_nhc.yaml        # NVT-NHC
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/nvt_andersen.yaml   # NVT-Andersen
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/nvt_berendsen.yaml  # NVT-Berendsen
python -m thermoelasticsim.cli.run -c examples/modern_yaml/npt.yaml            # NPT-MTK

参数说明

每个 YAML 文件包含详细中文注释，覆盖：

材料与结构：material: {symbol: Al|Cu|C, structure: fcc|diamond}
势函数：potential: EAM_Al1|EAM_Cu1|Tersoff_C1988
步长/步数/采样：dt、steps、sample_every
恒温/恒压参数：friction、tdamp、pdamp、tchain/pchain/tloop 等
零温应变点：显式 uniaxial_strains/shear_strains 或 strain_amplitude/num_points/include_zero

输出产物

所有产物保存至 examples/logs/{name}_{timestamp} 目录，包括：

零温：图/CSV/JSON 与尺寸扫描汇总
有限温：npt_pressure_evolution.png、C11/C12/C44 拟合图与 JSON
教学单元：thermo.csv、温度/能量/压力曲线等